學習困難的原因到目前尚不清楚，仍處于探索階段，普遍認為是多種因素綜合作用的結果，既有內因，又有外因；既有個人生理心理方面的因素，也有家庭社會等環境因素；既有先天因素，也有后天因素；總之，造成學習困難的原因是多方面的，是內外因素綜合作用的結果。到目前為止，關于兒童學習困難的原因有如下一些研究成果或認識。

1．生理因素：

（1）兒童在胎兒期、出生時出生后由于某種病傷而造成輕度腦損傷或輕度腦功能障礙。

（2）遺傳因素。有些學習技能障礙具有遺傳性，如兒童的父親、爺爺或其他親屬可見到類似情況。

（3）身心發展落后于同齡兒童的發展水平。乳牙脫得慢、走路說話遲、個子特別矮小等；感覺器官功能的缺陷或運動協調功能差。

（4）身體疾病。孩子若體弱多病，經常缺課，會使得所學的功課連續性間斷，學習的內容聯系不起來，自然會導致學習困難；有的孩子上課小動作多，或存在注意缺陷，不能集中注意力，也會導致學習困難。

2．環境因素：

（1）不良的家庭環境。由于父母長期在外工作或家庭成員關系緊張等原因，使兒童從小就未得到大人充分的愛撫，特別是缺乏母愛。

（2）兒童在幼年時未得到良好教養，在兒童早年生長發育的關鍵期，沒有提供豐富的環境刺激和教育。

（3）不適當的學習內容和教育方法使兒童產生厭學情緒。有些父母望子成龍心切，他們拔苗助長，不按兒童的身心特點進行教育，常在是教育的內容、方式、方法上違反教育規律。如學前兒童小學化，小學兒童初中化等。

3．營養與代謝：研究證實，兒童學習困難與營養代謝相關，某些微量元素不足或膳食不合理，營養不平衡可影響智力發育。過去認為碘攝入不足影響兒童智力，鋰元素影響兒童的性格特征，進而影響學習。有研究表明學習困難兒童發中微量元素鋅、銅的含量顯著低于正常兒童，而鐵也是影響學習成績的重要因素。
4．心理因素：兒童學習困難與心理因素密切相關過去已有認識，大量研究得以進一步證實，兒童學習困難存在普遍的心理問題。普遍觀察得到的結果是學習困難兒童學習動機水平低學習動力不足，學習興趣差，情緒易波動，意志障礙，認知障礙，自我意識水平低等。
5、近年來的科學研究顯示，學習困難是由于小腦發展遲緩造成的，小腦功能若無法有效發揮，將導致各類的學習困難。因為每一個人的小腦發育程度不同，所以每個人的學習困難的癥狀也不會完全相似，癥狀也常常相互重疊。
由于小腦是學習過程中重要的訊息處理中心，能將我們的能力“自動化”。有了自動化功能，日常生活中的許多事物和技能，在我們學會后是我們不假思索就可以直接做出來的。一旦小腦無法有效自動化運作，每做一件事都要重新學習，那就很可能讓閱讀書寫、動作協調、人際關系等……這些一般人都輕易可學會的生活技能變成困擾，甚至變成災難與惡夢，不論怎樣奮斗掙扎，卻總是陷在一籌莫展的困境。